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実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ シングルセル解析プロトコール

菅野 純夫 (編集)

羊土社

  • ISBN : 9784758122344
  • ページ数 : 345頁
  • 書籍発行日 : 2017年9月
  • 電子版発売日 : 2018年5月18日
  • 判 : B5判
  • 種別 : eBook版 → 詳細はこちら
販売価格 (ダウンロード販売)
¥8,800 (税込)
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商品情報

1細胞ごとの遺伝子発現をみる“シングルセル解析”があなたのラボでもできる!

「シングルセル解析の重要性」「シングルセル解析の実際」「高度なシングルセル解析・データ解析」と3つの章に分けて構成。1細胞の調製法や微量サンプルのハンドリングなど実験のコツから,最新の応用例までを凝縮した1冊.

実験医学シリーズ

■ 序文

羊土社の担当の方から,シングルセル解析に関する書籍の企画について最初にご相談いただいたのは,昨年の4月だった.国際人類遺伝学会でシングルセル解析のセッションの座長をしたり,CRESTの「1 細胞解析」の総括をしたりしていた関係だと思うが,当時はまだ,「とにかく,シングルセル解析というものをやってみました」といった発表が続いていたことから,もう少し経ってから,とお答えしたのを覚えている.次にお会いしたのは9月ぐらいだったと思うが,そのときにはプロトコール本を出したいと言われたのには,いささか驚いた.もう少し手前の,紹介本とか入門書のようなものを考えていたためである.実際に,日本でそんなにたくさんの研究者がシングルセル解析をするとは思えなかったためでもある.

11月ぐらいから,担当の方の熱意に引っ張られる形で企画をはじめたが,まだ,プロトコール本など作って役に立つのだろうか,と半信半疑というのが,本当のところであった.ただ,そのころから,シングルセルのデータを自分で「R」などを使ってクラスタリングなどを行い,なかなかおもしろいと感じはじめてもいた.疑念が最終的に晴れはじめたのは,実際にお願いした原稿が手元に届きだした4月すぎである.

不明を恥じなければいけないが,世界におけるここ1 年のシングルセル解析研究の進展と,いただいた原稿の質の高さから,担当の方の読みの確かさを確認することとなった.シークエンス費用が相変わらず掛かるため,急速に一般化とはいかないが,シングルセル解析が確実に分子生物学の標準的方法として,その地位を確立しはじめていることは疑いがない.Human Cell Atlas といった国際プロジェクトもアナウンスされ,ビッグプロジェクトが進む一方で,解析遺伝子数を抑えた比較的低コストのシングルセル解析で,重要な生物学的成果を得るような仕事も,増えてきている.

生物学的成果を得るような仕事も,増えてきている. 日本のシングルセル解析は神原秀記による特定領域研究「ライフサーベイヤ」以来の伝統があり,ポテンシャルは高い.本書が,日本のシングルセル解析の興隆の一助となれば幸いである.


2017年8月

菅野純夫

■ 目次

レビュー編 シングルセル解析の重要性

1 シングルセル解析とは何か? なぜ今なのか?

2 がん研究とシングルセル解析

3 免疫研究とシングルセル解析

4 幹細胞・発生研究とシングルセル解析

5 シングルセル解析による神経科学の新展開

6 環境微生物研究に革命をもたらしたシングルセル解析

プロトコール編 シングルセル解析の実際

オーバービュー

1 シングルセル解析のための一細胞調製法

2 シングルセル解析における前処理の意義

3 1 細胞RNA-Seq データ解析

4 ゆらぎ・ばらつきの諸問題(生物/測定由来)

1 細胞分取の実際

5 血球系細胞シングルセル解析のための細胞分取

6 オルガノイドからの1 細胞分取

7 組織からの1 細胞分取

ゲノム解析

8 シングルセルゲノム解析に向けた全ゲノム増幅法

9 C1 システムを用いたシングルセル全エキソームシークエンス

RNA(トランスクリプトーム)解析

10 C1システムを用いたシングルセルRNA-Seq

11 Chromium システムv2 によるシングルセルRNA-seq

12 Nx1-seq

13 C1 CAGE 法

14 ICELL8 によるシングルセルRNA-Seq

エピゲノム解析

15 シングルセルメチローム解析(PBAT 法)

16 シングルセルオープンクロマチン解析

17 シングルセルHi-C 法によるクロマチン高次構造解析

18 シングルセルクロマチン免疫沈降法(scChIP-seq)

その他のシングルセル解析

19 微生物のシングルセルゲノム解析

20 シングルセルTCR レパトア解析

21 マスサイトメトリーによるシングルセル解析の実際と可能性

22 組織透明化と三次元イメージングによるセルオミクスの実践

発展編 高度なシングルセル解析・データ解析

1 多階層シングルセルオミクス解析

2 シングルセルにおけるncRNA 解析

3 細胞の分化系譜:CellTree

4 Hi-C という染色体の立体パズルを解く

5 分化過程の再構築と擬時間に基づく発現変動解析

6 シングルセルシークエンスデータを読み解くための情報解析

7 シングルセルからの核・細胞質の取得

索引

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