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実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ ロングリードWET&DRY解析ガイド シークエンスをもっと自由に!

  • ISBN : 9784758122535
  • ページ数 : 230頁
  • 書籍発行日 : 2021年9月
  • 電子版発売日 : 2021年9月24日
  • 判 : B5判
  • 種別 : eBook版 → 詳細はこちら
販売価格 (ダウンロード販売)
¥6,930 (税込)
ポイント : 126 pt (2%)

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商品情報

リピート配列から構造変異、ダイレクトRNA、de novoアセンブリまで、研究の可能性をグンと広げる応用自在な最新技術

精度が向上し,導入のしやすさや応用性の高さで新たな強みを示すロングリード技術を活用して新発見を掴むための実践プロトコール集.実例に裏打ちされたWET・DRY双方のノウハウが満載.

※本製品はPCでの閲覧も可能です。
製品のご購入後、「購入済ライセンス一覧」より、オンライン環境で閲覧可能なPDF版をご覧いただけます。詳細はこちらでご確認ください。
推奨ブラウザ: Firefox 最新版 / Google Chrome 最新版 / Safari 最新版

■ 序文

2012 年にゲノム解析関連技術の国際会議, ゲノム生物学& テクノロジー会議(Advances in Genome Biology and Technology:AGBT)で初めてMinION シークエンサーが発表されたときの衝撃を,昨日のことのように覚えている.デスクトップとよぶには巨大すぎるシークエンサーが当たり前だった時代に,手のひらに載り,USB 給電で動く$1,000 のシークエンサーは,タイムマシンから降り立つ未来人を目の当たりにする気分だった.当時「NGS 現場の会」の懇親会で,研究者仲間達とこの夢のようなシークエンサーについて展望を熱く交わし合ったものだ.

あれから10 年近くが経ち,ナノポアシークエンサーは今や研究に欠かせない必須ツールになった.それでも,バクテリアゲノムに相当する長さのリードを読めたり,RNA を直接シークエンスできたり,タイムマシンはその後も何度かやってきて,僕らの前に驚きを魅せてくれた.

2018 年に羊土社からお声がけいただき,実験医学でナノポアシークエンシングの特集を企画する機会に恵まれた.編者の1 人,荒川は2015 年のMinION 正式リリースの少し前からアーリーアクセスプログラムで使用を開始していて,2017 年にはLondon Calling(オックスフォード・ナノポアテクノロジーズ社主催の国際会議)で招待講演をさせていただいていた.本邦で比較的早く本技術を活用していた立場から,何よりこの興奮をより多くの人に共有したいという思いで当時のフロントランナー達と特集を組ませていただいたが,おかげさまでたいへんご好評いただけたと思う.一方で,ぜひともナノポアシークエンシングを使いたいけれど,実践的な教科書のようなものがないために,実際どう実験してデータ解析をしたらいいかわからない,という悩みをお聞きすることも増えた.そんなご縁から,今こそ技術的に成熟してきたナノポアシークエンシングを実践的に活用するためのガイドブックをつくれないか,ということで,2016 年よりオックスフォード・ナノポアテクノロジーズ社日本法人を立ち上げアジア太平洋地域でのナノポア技術の普及に尽力してきた編者の1 人,宮本と本書を企画させていただくに至った.多岐にわたるアプリケーションにおけるWET とDRY 双方のプロトコールを詳述することで,ナノポアシークエンスを皆様の研究に導入する一助になるとともに,応用的広がりに少しでもつながることができれば幸甚である.

最後に,コロナ禍で通常以上に多忙な中,ご執筆を快くお引き受けいただいた諸先生方,ならびに,企画から発行までの過程で多大なご尽力とアドバイスをいただいた羊土社編集部に,心よりお礼申し上げる.


2021年8月

荒川和晴,宮本真理

■ 目次

第1章 Introduction

1 序論:誰もがゲノムシークエンシングできる時代に【荒川和晴】

2 ナノポアシークエンスの原理と技術発展【宮本真理】

3 DRY解析環境のセットアップとデータ解析プラットフォームGalaxyの使い方【大田達郎,志波 優】

4 ナノポアシークエンス実践ガイド 〜ライブラリプレップから解析環境選びまで【上村泰央】

第2章 プロトコール① リピートと構造変異

1 動物の長鎖リピート解析(クモ糸を例に)【河野暢明】

2 ヒト疾患関連の長鎖リピート解析【三橋里美】

3 ヒト疾患関連のSV解析【坂本祥駿,三宅修平,岡 実穂,鈴木 穣,鈴木絢子】

4 核酸の塩基修飾解析【古田芳一】

5 メガベースをめざせ!ultra-long readプロトコール【中村浩之,河野暢明,荒川和晴】

第3章 プロトコール② ゲノムアセンブリ

1 初めてでもできる!細菌ゲノムのアセンブル【谷口 誠】

2 和牛のde novoゲノムアセンブリ【若栗浩幸,今村聖実,佐々木慎二,鈴木 穣】

3 ナノポアで読む植物ゲノム【内藤 健】

第4章 発展的アプリケーション

1 direct RNA sequenceとRNA修飾の情報解析【上田宏生】

2 ナノポア技術によるオンサイト迅速細菌同定【松尾禎之】

3 ナノポアシークエンサーMinIONを活用したウイルス解析【中川 草】

■ 特記事項

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