- m3.com 電子書籍
- 雑誌
- 基礎医学系
- 実験医学別冊 実験デザインからわかる シングルセル研究実践テキスト
商品情報
内容
シングルセル研究を始めることになったら？実験計画のポイント，サンプル調製，Seurat，Scanpyなど解析ソフトの実例コードや，外注の検討事項まで．全体の流れを把握して即戦力をつけたいあなたに！
序文
序
次世代シークエンサーを用いたシングルセルゲノミクス解析（本書では本解析を「シングルセル解析」と略させていただく）は，10年前では最先端の尖った研究者が行うエキセントリックな実験であったが，現在では多くの方が実践する流行の技術となり，年を追うごとに使用例も爆発的に増加している．この進歩は，解析機器の発展や，フローの標準化，GUIベースで操作できるソフトの登場などにより加速され，シングルセル解析へのハードルは現在劇的に下がっている．しかし，それでもなおはじめてシングルセル解析を行うにはwetからdryまでさまざまなクリアすべき障壁が存在する．実験プロトコールがあれば，それをそのまま踏襲して実施できる技術ではなく，細胞単離からライブラリ作製，データ取得，一次解析，二次解析と一連の過程の統合的な理解と実践が必要となってくる．
本書ではこれら一連の過程のすべてを平易で解りやすく解説し，これからシングルセル解析をはじめる方に向けたな入門書として，まず最初に目を通してもらいたい書としてまとめてみた．シングルセルの分野の進歩は早く，1～2年もすれば古い情報となってしまうが，シングルセル解析をはじめるにあたり，あらかじめ考えておくべきこと，実験計画の立て方，裏取りの準備など，基本的な考え方はときを経ても変わらないと思っている．まず本書から全体の流れを理解していただき，その後個別の過程を専門書，原著から学び実践にはいっていただきたいと思う．
読者の皆様には，シングルセル解析をはじめるにあたり，ぜひ本書を参考にしていただき，多くの成果を上げていただきたいと願っている．
2024年2月
編集を代表して
大阪大学免疫学フロンティア研究センター実験免疫学
大倉永也
目次
序
執筆者一覧
本書の使い方
第1章 シングルセル解析をはじめる前に考えること［大倉永也］
第2章 シングルセル解析実施前の予備検討：バルクRNA-Seq［関 真秀，鈴木 穣］
第3章 公共データベースを用いた検討［森本玲生，安水良明，大倉永也］
第4章 シングルセル実験デザイン
1．多種多様な細胞群を対象とした実験デザイン［金井昭教，鈴木 穣］
2．シングルセル解析における実験デザイン［安水良明，大倉永也］
第5章 サンプル調製
1．サンプル調製で求められること［小熊 陽，堀尾侑加，渡辺 亮］
2．組織からのサンプル調製の実例［冨樫庸介，山下和男］
3．臨床検体からのscRNA-Seqサンプル調製の実例［赤嶺綸子，森田 元，村上晃規，吉富啓之，上野英樹］
第6章 実験の基本フロー
1．シングルセルプラットフォーム選択の指標［大倉永也］
2．10x Chromiumによるシングルセル解析［内藤陽子，元岡大祐］
3．nanowell方式のscRNA-Seq解析プラットフォーム［七野成之］
4．プレート型scRNA-Seqの特徴と実践［林 哲太郎，二階堂 愛］
5．1細胞核内情報解析のコツsnRNA-SeqとsnATAC-Seq［渡辺 亮，寺中 香］
第7章 データ解析の基本フロー
1．Seuratによるシングルセル解析［水野裕介，関 真秀，鈴木 穣］
2．Scanpyを用いたシングルセル解析のはじめ方と実践［萩原 柾，大倉永也］
3．Cell Ranger解析ソフトウェア［元岡大祐，田中健太郎］
4．SeqGeqを用いたシングルセルRNA-Seq解析［塩出悠登，小玉尚宏］
第8章 シングルセル転写開始点・エンハンサー解析［関戸 翔，小口綾貴子，孫 楽，村川泰裕］
第9章 複数のシングルセルデータの統合［芳賀泰彦，鈴木絢子，鈴木 穣］
第10章 二次解析，グラフィカルな表現法，共有
1．RNA velocityによる遺伝子発現ダイナミクスの解析［小嶋泰弘，島村徹平］
2．自動細胞型アノテーションと細胞間相互作用解析［早川慶紀，尾崎 遼］
3．シングルセルレパトア解析の現状［七野成之，上羽悟史］
4．CellOracleによる細胞のゆらぎの表現［神元健児］
第11章 CELLxGENEによるインタラクティブなデータ共有［安水良明，大倉永也］
第12章 解析結果の検証，解釈
1．マルチオミクスを用いたヒト心臓の細胞微小環境の解析［金丸和正］
2．三次元オルガノイドモデルアクシオロイドの特性評価［辻村太郎，山本拓也］
3．公開データからの乳腺上皮細胞アトラス構築［佐伯亘平，河本樹希，吉竹涼平］
4．循環器疾患におけるシングルセル解析研究の実際［野村征太郎］
第13章 受託解析を利用したシングルセル解析のすすめ［中村やまみ，大倉永也］
第14章 データ共有，代表的なポータルの紹介［鹿島幸恵，鈴木 穣］
座談会 エキスパートが語るシングルセル研究のリアル
索引
便利機能
- 対応
- 一部対応
- 未対応
-
全文・
串刺検索 -
目次・
索引リンク - PCブラウザ閲覧
- メモ・付箋
-
PubMed
リンク - 動画再生
- 音声再生
- 今日の治療薬リンク
- イヤーノートリンク
-
南山堂医学
大辞典
リンク
- 対応
- 一部対応
- 未対応
対応機種
iOS 10.0 以降
外部メモリ：11.3MB以上（インストール時：29.7MB以上）
ダウンロード時に必要なメモリ：45.1MB以上
AndroidOS 5.0 以降
外部メモリ：11.3MB以上（インストール時：29.7MB以上）
ダウンロード時に必要なメモリ：45.1MB以上
- コンテンツのインストールにあたり、無線LANへの接続環境が必要です（3G回線によるインストールも可能ですが、データ量の多い通信のため、通信料が高額となりますので、無線LANを推奨しております）。
- コンテンツの使用にあたり、M2Plus Launcherが必要です。 導入方法の詳細はこちら
- Appleロゴは、Apple Inc.の商標です。
- Androidロゴは Google LLC の商標です。
書籍情報
- ISBN：9784758122702
- ページ数：323頁
- 書籍発行日：2024年3月
- 電子版発売日：2024年3月15日
- 判：B5判
- 種別：eBook版 → 詳細はこちら
- 同時利用可能端末数：3
お客様の声
まだ投稿されていません
特記事項
※ご入金確認後、メールにてご案内するダウンロード方法によりダウンロードしていただくとご使用いただけます。
※コンテンツの使用にあたり、m3.com 電子書籍が必要です。
※eBook版は、書籍の体裁そのままで表示しますので、ディスプレイサイズが7インチ以上の端末でのご使用を推奨します。